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1. 申請
1) 申請人向分中心提出正式申請，領取《有機食品認證申請表》和交納申請費。
2) 申請人填寫《有機食品認證申請表》，同時領取《有機食品認證調查表》和《有機食品認證書面資料清單》等文件。
3) 分中心要求申請人按本標準 4 的要求，建立本企業的質量管理體系、質量保證體系的技術措施和質量信息追蹤及處理體系。
2. 預審并制定初步的檢查計劃
1) 分中心對申請人預審。預審合格，分中心將有關材料拷貝給認證中心。
2）認證中心根據分中心提供的項目情況，估算檢查時間（一般需要2次檢查：生產過程一次、 加工一次）。
3) 認證中心根據檢查時間和認證收費管理細則，制定初步檢查計劃和估算認證費用。
4) 認證中心向企業寄發《受理通知書》、《有機食品認證檢查合同》(簡稱《檢查合同》)并同時通知分中心。
3. 簽訂有機食品認證檢查合同
1) 申請人確認《受理通知書》后，與認證中心簽訂《檢查合同》。
2 ) 根據《檢查合同》的要求，申請人交納相關費用的 50% ，以保證認證前期工作的正常開展。
3) 申請人委派內部檢查員（生產、加工各1人）配合認證工作，并進一步準備相關材料。
4) 所有材料均使用書面文件和電子文件各一份，拷貝給分中心。
4. 審查
1) 分中心對申請人及其材料進行綜合審查。
2) 分中心將審核意見和申請人的全部材料拷貝給認證中心。
3) 認證中心審查并做出“何時”進行檢查的決定。
4) 當審查不合格，認證中心通知申請人且當年不再受理其申請。
5. 實地檢查評估
1) 全部材料審查合格以后，認證中心派出有資質的檢查員；
2) 檢查員應從認證中心或分中心處取得申請人相關資料，依據本準則的要求，對申請人的 質量管理體系、生產過程控制體系、追蹤體系以及產地、生產、加工、倉儲、運輸、貿易等進行實地檢查評估。
3) 必要時，檢查員需對土壤、產品抽樣，由申請人將樣品送指定的質檢機構檢測。
6. 編寫檢查報告
1) 檢查員完成檢查后，按認證中心要求編寫檢查報告。
2) 檢查員在檢查完成后兩周內將檢查報告送達認證中心。
7. 綜合審查評估意見
1) 認證中心根據申請人提供的申請表、調查表等相關材料以及檢 查員的檢查報告和樣品檢驗報告等進行綜合審查評估，編制頒證評估表。
2) 提出評估意見并報技術委員會審議。
8. 認證決定人員／技術委員會決議
認證決定人員對申請人的基本情況調查表、檢查員的檢查報告和認證中心的評估意見等材料進行全面審查，做出 同意頒證、有條件頒證、有機轉換頒證或拒絕頒證的決定。證書有效期為一年。
當申請項目較為復雜（如養殖、漁業、加工等項目）時，或在一段時間內（如6個月）， 召開技術委員會工作會議，對相應項目作出認證決定：
認證決定人員／技術委員會成員與申請人如有直接或間接經濟利益關系，應回避。
1) 同意頒證。申請內容完全符合有機食品標準，頒發有機食品證書。
2) 有條件頒證。申請內容基本符合有機食品標準，但某些方面尚需改進，在申請人書面承諾按要求進行改進以后，亦可頒發有機食品證書。
3) 有機轉換頒證。申請人的基地進入轉換期一年以上，并繼續實施有機轉換計劃，頒發有機轉換基地證書。從有機轉換基地收獲的產品，按照有機方式加工，可作為有機轉換產品，即“轉換期有機食品”銷售。
4) 拒絕頒證。申請內容達不到有機食品標準要求，技術委員會拒絕頒證，并說明理由。
9. 有機食品標志的使用
根據證書和《有機食品標志使用管理規則》的要求，簽訂《有機食品標志使用許可合同》，并辦理有機食品商標的使用手續。
